IT/생명과학 공부 블로그

Multi-dimensional integration gene expression과 관계없이 promoter region의 methylation 및 miRNA의 expression level에 대한 data를 가져온 것입니다. 이 방법의 장점은 각 omics 별 feature를 모두 이용할 수 있다는 것입니다.이 방법이 Multiomics data의 통합에서 가장 많이 쓰이는 방법입니다. 예를 들어 Gene expression, Methylation level, miRNA expression 데이터가 있습니다.각각의 데이터는 (i * m), (j * m), (k * m)의 행렬로 되어있으며 m은 환자의 수를 의미합니다.그리고 i, j, k 는 각각 환자에게서 조사한 feature를 뜻합니다. 아래 예시 ..

ngsShoRT 설치 ngsShoRT 프로그램을 웹에서 다운받습니다.perl 모듈 2가지 설치가 선행되어야 합니다.우분투 터미널을 열고sudo perl -MCPAN -e shellinstall String::Approx   install PerlIO::gzip 을 차례로 입력해 모듈을 다운받습니다. 그리고 exit으로 cpan shell을 나갑니다.install String::Approx   모듈 설치 시 경고 메시지가 발생할 수 있습니다.exit하여 터미널에서 sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential을 입력하여 설치하고나서 다시 시도해봅니다.install PerlIO::gzip  모듈 설치 시 경고 메시지가 발생할 수 있습니다.exit하여 터..

이 포스팅은 INCOEDU | KOBIC 교육센터의 온라인 강의 내용을 듣고 복습한 내용을 바탕으로 만들어졌습니다.저작권 보호 등의 문제 발생 시 삭제 하겠습니다.https://edu.insilicogen.com/kobic/course/167 차세대 생명정보 온라인 교육 | KOBIC 교육센터KOBIC 차세대 생명정보 교육은 바이오 데이터 분석 및 활용을 위한 IT 기술(프로그래밍 언어, 리눅스)과 바이오 데이터 분석 전문기술을 제공합니다.edu.insilicogen.com  NGS FASTQC 설치 Babraham 웹사이트에서 FASTQC를 다운로드합니다.JAVA의 다운로드와 환경변수 설정이 선행되어야 합니다.다운로드 받은 경로에 가서 chmod +x fastqc 를 입력합니다.그리고 ls -l을 입력..

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프로젝트 목표 국내 1위 거래소인 업비트와 글로벌 1위 거래소인 바이낸스의 2023년 비트코인 시세차이 분석및 시세차이를 이용한 매매방법 탐색 개요 1. 데이터 수집, 저장 및 처리      1) 업비트, 바이낸스 각 거래소의 API를 요청하여 2023년의 코인시세 데이터를 수집하여 저장https://github.com/ppsygit/coinAnalysis/blob/main/diff_analysis/upbit_btc_5minutes.ipynb coinAnalysis/diff_analysis/upbit_btc_5minutes.ipynb at main · ppsygit/coinAnalysisContribute to ppsygit/coinAnalysis development by creating an acco..

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면역학적 방법 IgG는 두개 heavy chain과 두개 light chain으로 구성되어 있으며 disulfide 연결되어 있습니다. 마우스의 spleen cell과 myeloma cell line을 이용해 항체를 얻을 수 있습니다.1) mouse spleen cell과 myeloma cell을 채취하여 polyethylene glycol 로 융합합니다. 2) hybrid cell을 선택하여 배양하여 클론을 생성합니다.3) cell culture 하거나 mouse에 접종하여 Antibody를 생산합니다.  1. Western blot, immuno blot1) SDS-PAGE에서 분리된 단백질을 Polymer sheet에 옮깁니다.2) Primary Ab를 붙이고 wash합니다.3) Secondary ..

펩타이드 분석 1. AA composition analysis분리 : 펩타이드 내 AA를 산 가수분해 하여 free AA로 만들어 ion-exchange chromatography attached to HPLC로 분리정량화 : ninhydrin test과 fluorescamine 는 amino group의 함량을 측정,  2. N-terminal sequenceFDNB, Dabsylchloride, Dansyl chloride를 이용하여 N 말단 아미노산을 식별 3. Edman degradationPhenyl isothiocyanate를 이용하여 N 말단 아미노산을 순서대로 하나씩 식별,AA는 phenylthiohydantoin (PTH)- AA로 떨어져 나옵니다.PTH-AA를 HPLC로 분리하여 흡광도..

단백질의 정제 과정은 크게 아래 과정을 따릅니다.Crude extraction (homogenize tissues) 및 cfg(centrifuge)Rough fractionation (Salting out)Column chromatography Homogenate Homogenizer라는 기계로 세포막을 파괴하여 물질을 균질화 합니다. Homogenate는 균질화된 용액을 뜻합니다.Homognate를 원심분리하여 상층액을 제거, rpm을 높여가며 반복할 수록 점점 가벼운 덩어리들로 분리할 수 있습니다. Rough fractionation  Salting out은 단백질이 높은 염 농도에서 용해도가 감소하는 것을 이용하여 침전시키는 방법입니다.단백질마다 침전하는 염의 농도가 다른데 그것을 단백질 분별을 위..