펩타이드 분석
1. AA composition analysis
분리 : 펩타이드 내 AA를 산 가수분해 하여 free AA로 만들어 ion-exchange chromatography attached to HPLC로 분리
정량화 : ninhydrin test과 fluorescamine 는 amino group의 함량을 측정,
2. N-terminal sequence
FDNB, Dabsylchloride, Dansyl chloride를 이용하여 N 말단 아미노산을 식별
3. Edman degradation
Phenyl isothiocyanate를 이용하여 N 말단 아미노산을 순서대로 하나씩 식별,
AA는 phenylthiohydantoin (PTH)- AA로 떨어져 나옵니다.
PTH-AA를 HPLC로 분리하여 흡광도 측정(20개 peak)을 통해 각 아미노산의 성분을 알 수 있습니다.
단백질 서열분석
1. Breaking disulfide bonds
Cys-Cys disulfide bond를 perfomic acid를 첨가해 각각 Cysteic acid로 만들어 줍니다.
그리고 다시 disulfide bond가 형성되지 않도록 Iodoacetate를 붙여줍니다.
2. Specific cleavage
Enzyme 또는 Chemical compounds를 이용하여 polypeptide를 fragment로 쪼갭니다.
아래 각각의 enzyme과 chemical들은 특정 aa의 carboxyl 말단 펩타이드를 절단합니다.
| 이름 | 종류 | 인식 aa |
| chymotrypsin | Enzyme | Phe , Trp,- Tyr 등의 aromatic residue 그리고 Leu, Met |
| trypsin | Enzyme | Lys, Arg 등의 basic residue |
| Cyanogen bromide(CNBr) | Chemical | Met |
3. Fragmented peptide analysis
Edman degradation으로 fragment들의서열을 분석합니다.
※참고
https://www.youtube.com/watch?v=VxaGNLCIETA
4. Overlapping peptide seq
fragment들의 서열을 오버랩핑하여 전체 polypeptide의 서열을 분석합니다.
펩타이드 합성
펩타이드를 합성하기 위해서는 aa에 N 말단에 t-butylcarbonyl 이 결합한 t-Boc aa,
그리고 C말단이 레진으로 보호된 aa- resin 이 필요합니다.
1. t-Boc aa의 C 말단에 Dicyclohexylcarbodiimide(DCC)를 결합시킵니다.
2. t-Boc - aa - DCC 에 aa- resin을 붙여 t-Boc-aa -aa - resin을 만듭니다. DCC는 이탈
3. 신장된 AA의 N 말단의 t-Boc를 제거하여 다음 t-Boc-aa-DCC 와 위와 같은 반응 반복
5. HF로 resin을 이탈시킵니다.